1944

Sau khi hoàn tất việc chạy thử máy huấn luyện tại các vùng biển ngoài khơi New London, Connecticut và Newport, Rhode Island, Flounder chuẩn bị để được điều động sang khu vực Mặt trận Thái Bình Dương. Nó khởi hành từ Căn cứ Tàu ngầm Hải quân New London, băng qua kênh đào Panama và đi đến vịnh Milne, New Guinea vào ngày 6 tháng 3, 1944.[1]

Chuyến tuần tra thứ nhất và thứ hai

Khởi hành vào ngày 17 tháng 3 cho chuyến tuần tra đầu tiên tại khu vực Palau, máy bay đối phương đã liên tục tuần tra làm giới hạn hoạt động của Flounder, nên nó ít tìm thấy mục tiêu phù hợp. Sau khi quay trở về vịnh Milne để tái trang bị, chiếc tàu ngầm đi đến Manus để huấn luyện, rồi lên đường vào ngày 3 tháng 6 cho chuyến tuần tra thứ hai. Vào giai đoạn diễn ra cuộc đổ bộ lên quần đảo Mariana, trong biển Philippine, nó dò được tín hiệu sonar nên đã tấn công và đánh chìm được chiếc tàu vận chuyển Nipponkai Maru (2.681 tấn) vào ngày 17 tháng 6. Tàu hộ tống đối phương phản công quyết liệt nhưng không hiệu quả. Đang khi di chuyển trên mặt nước vào ngày 24 tháng 6, nó bất ngờ bị hai máy bay đối phương tấn công, ném bom nổ sát tàu và gây một số hư hại. Chiếc tàu ngầm được tiếp nhiên liệu tại Manus vào ngày 6 tháng 7, rồi tiếp tục đi đến Brisbane, Australia để tái trang bị.[1]

Chuyến tuần tra thứ ba

Trong chuyến tuần tra thứ ba từ ngày 1 tháng 8 đến ngày 4 tháng 10, Flounder khởi hành từ Brisbane và ghé đến Manus trong các ngày 8 và 9 tháng 8 trước khi hoạt động tìm kiếm và giải cứu phục vụ cho hoạt động không kích xuống quần đảo Philippine. Trong những dịp bắt gặp những mục tiêu phù hợp, nó chỉ tấn công một lần vào vào một tàu hộ tống đối phương, nhưng đối thủ né tránh được những quả ngư lôi phóng vào nó và quay lại phản công bằng mìn sâu. Chiếc tàu ngầm được tiếp liệu tại Mios Woendi, New Guinea từ ngày 28 tháng 8 đến ngày 1 tháng 9, rồi kết thúc chuyến tuần tra tại vịnh Davao và quay trở về Brisbane.[1]

Chuyến tuần tra thứ tư

Flounder lên đường vào ngày 27 tháng 10 cho chuyến tuần tra thứ tư cùng hai tàu ngầm khác tại khu vực biển Đông. Tại phía Bắc eo biển Lombok vào ngày 10 tháng 11, nó phát hiện một vật thể được cho là một thuyền buồm nhỏ, nhưng nhận ra là tháp chỉ huy của một tàu ngầm khi tiếp cận. Flounder lặn xuống để tấn công, phóng một loạt bốn quả ngư lôi và ghi được một quả trúng đích kèm theo một vụ nổ thứ phát, và khiến cho đối thủ bốc cháy. Khi nó trở lên độ sâu kính tiềm vọng để quan sát nữa giờ sau đó, mục tiêu đã biến mất khỏi mặt nước. Tàu ngầm U-537, một trong mười tàu U-boat Đức được phái sang hoạt động tại các vùng biển Ấn Độ Dương và Châu Á,[13][14] đã bị Flounder đánh chìm tại tọa độ 07°13′N 115°17′Đ / 7,217°N 115,283°Đ / -7.217; 115.283.[15] Đến ngày 21 tháng 11, nó lại tấn công một đoàn tàu vận tải ngoài khơi Palawan, đánh chìm được tàu buôn Gyosan Maru (5.698 tấn) để kết thúc chuyến tuần tra.[1]

1945

Chuyến tuần tra thứ năm

Sau khi được tái trang bị tại Fremantle, Australia từ ngày 13 tháng 12, 1944 đến ngày 7 tháng 1, 1945, Flounder lên đường cho chuyến tuần tra thứ năm, nhưng buộc phải quay trở lại từ ngày 12 đến ngày 14 tháng 1 để sửa chữa máy đo độ sâu. Sau đó nó dẫn đầu một đội phối hợp tác chiến "Bầy sói" bao gồm ba tàu ngầm để hoạt động tại biển Đông. Trong các ngày 12 và 13 tháng 2, đội tác chiến đã theo đuổi một lực lượng đặc nhiệm đối phương, nhưng không thể đi đến vị trí tấn công phù hợp. Vào ngày 22 tháng 2, sau khi phóng một loạt bốn quả ngư lôi vào một tàu tuần tra đối phương, hai quả ngư lôi đã chạy loạn xạ và suýt đâm ngược trở lại chiếc tàu ngầm nếu như hạm trưởng đã không cơ động khéo léo để né tránh. Ba ngày sau đó, nó lại mắc tai nạn va chạm với tàu ngầm Hoe (SS-258) ở độ sâu 66 ft (20 m), nhưng chỉ bị hư hại rò rỉ nhẹ và nhanh chóng được sửa chữa. Nó kết thúc chuyến tuần tra khi quay trở về căn cứ tại vịnh Subic, Philippines.[1]

Chuyến tuần tra thứ sáu

Sau khi được tái trang bị tại vịnh Subic từ ngày 26 tháng 2 đến ngày 16 tháng 3, Flounder lại dẫn đầu một đội tác chiến "Bây sói" truy lùng mục tiêu ở phía Nam đảo Hải Nam. Họ bắt gặp một đoàn tàu vận tải lớn vào ngày 29 tháng 3, nhưng bị máy bay đối phương tấn công trước khi kịp phóng ngư lôi vào các tàu buôn. Chiếc tàu ngầm kết thúc chuyến tuần tra tại Saipan vào ngày 22 tháng 4, và được lệnh quay trở về vùng bờ Tây để đại tu.[1]

Kết thúc công việc sửa chữa, Flounder đi đến Trân Châu Cảng đúng vào lúc Nhật Bản chấp nhận đầu hàng vào ngày 15 tháng 8, giúp chấm dứt vĩnh viễn cuộc xung đột. Nó được lệnh quay trở về vùng bờ Đông, đi đến thành phố New York vào ngày 18 tháng 9. Sau khi bị bỏ không tại Portsmouth, New Hampshire và New London, Connecticut, con tàu được cho xuất biên chế tại New London vào ngày 12 tháng 2, 1947, và được đưa về Hạm đội Dự bị Đại Tây Dương.[1][11][12] Tên nó được cho rút khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân vào ngày 1 tháng 6, 1959,[11][12] và con tàu bị bán để tháo dỡ cùng ngày hôm đó.[11][12]